El Oráculo anuncia que la Muralla está en peligro y es necesario elegir nuevas guardianas.

Will llega a Heatherfield y en su nueva escuela conoce a Taranee, Cornelia, Hay Lin, Irma y Elyon. Las chicas descubren sus poderes y la abuela de Hay Lin, Yan Lin, les encomienda cerrar los doce portales que conectan Hearthfield, su ciudad, con Meridian, un reino dominado por un perverso tirano: el príncipe Phobos.En el transcurso, Cedric, fiel vasallo de Phobos, habla con la amiga de las Witch, Elyon, revelándole que es la reina legítima de Meridian, pero engañándola para que luche contra sus amigas, diciendo que ellas son enemigas de su pueblo y de hermano Phobos, hasta que, Cornelia, junto a Caleb, el líder de los rebeldes, le abren los ojos.

El día de su coronación, las guardianas van al Metamundo para evitar que Elyon caiga en la trampa que Phobos le tenía preparada. Elyon y las W.I.T.C.H se enfrentan a Phobos y Cedric, quienes son derrotados y Elyon es coronada Reina de Meridian.
 

1ª Mini-saga: Luba, La Guardiana De Las Gotas (número 13 al 15)

Luba, una sabía de Kandrakar, presenta sus dudas ante el Oráculo y el consejo, revelando sus pensamientos, pues cree que las Guardianas son inexpertas e incapaces de cumplir con su misión, e intenta convencer a la congregación, pero termina siendo juzgada y acusada, pues al actuar con las gotas propicia la aparición de un cambiante que absorbe todos los poderes y busca el de la Tierra, dándole toda la energía a Cornelia. La historia en la cual Cornelia toma el protagonismo para salvar a su amado murmurante del maleficio: Caleb.
 

2ª Saga: La venganza de Nerissa (número 16 al 23)
 

Ya que Caleb posee una copia de los cinco poderes, se crea la situación perfecta en la que Nerissa despierta en su prisión en el Monte Thanos. Nerissa, una ex-guardiana que se corrompió por el poder del Corazón de Kandrakar, ataca a las WITCH en sueños, buscando venganza sobre Kandrakar. Finalmente, mediante engaños, le roba el corazón de Kandrakar a Will, pero Cassidy le entrega su corazón, por lo que las Witch se enfrentan a Nerissa y la vencen de una vez por todas. La historia de Caleb y Cornelia da un giro para tomar una última decisión, que acaba en un tierno y triste adiós. (Introducción del especial: Caleb y Cornelia). Títulos de los cómics:
 

Después de su batalla con Nerissa aparece misteriosamente Thomas Vandom, el padre de Will, con el pretexto de querer rehacer su familia con Susan y su hija. Al principio Will lo cree un hombre bueno y que habla con sinceridad, pero un día los escucha discutiendo sobre su custodia. Thomas había hecho una demanda contra Susan y solo la retiraría si ella le daba dinero. Kadma, la ex-guardiana de la tierra, interviene para ayudar a Will, le da el dinero a Thomas para que retire la demanda y se aleje de ellas de una vez por todas. Lirón se escapa y el atropellado pro un camión y muere en la tienda del Sr. Olsen.
 

Taranee se siente utilizada por el Oraculo y renuncia temporalmente, para ocupar su lugar llega Orube, que se hace pasar por la sobrina de la Señora Rudolph. Cornelia, Taranee y Hay Lin se van al colegio Redstone por un tiempo, mientras que Will e Irma se quedan en Heatherfield. El rey Ari de Arkhanta se alza contra el Oráculo, culpándolo a él de una rara enfermedad que tiene su hijo Maqui,que intentó curar capturando una banshee. Debido a que la banshee es incapaz de curar al niño, Ari le pide otros tres deseos: una inmensa fortuna, una enorme casa (su palacio, el Bastión Escarlata) y que la banshee le sirviera como esclava durante el resto de su vida. Ari planea quitar el poder al Oráculo con la magia de la banshee. Mientras en la Tierra, las gotas astrales de las WITCH comienzan a rebelarse, consiguiendo su libertad.
 

No. 33 "Gotas de libertad"
 

Las dobles de las WITCH están hartas de seguir las órdenes de sus dueñas, desarrollan personalidades diferentes y se sienten utilizadas por las guardianas. Por eso deciden escaparse de Heatherfield para hacer sus propias vidas.Pero cuando las encuentran, las Witch les conceden su libertad y el Oráculo les da vidas nuevas.
 

No. 36 "Espíritus rebeldes"
 

Cuando Phobos se apodera del cuerpo de Endarno, el guardián de la Torre de las Nieblas, las cosas comienzan a marchar muy mal en el centro del infinito. El Oráculo es expulsado y reemplazado por Phobos, Elyon es encarcelada y obligada a cederle la corona de la Luz, y Cornelia es elegida para poseer una clepsidra que puede detener el tiempo. Pero se la entrega Endarno, que en ese momento estaba poseído por Phobos. Al final las WITCH vencen a Phobos, pero cuando lo iban a atrapar el se lanza al vacío. En cambio sí atrapan a Cedric. Después de ello el Oráculo le quita los poderes y lo devuelve a la Tierra.
 

No. 47 "Las arenas del tiempo"
 

Cuando las WITCH y Orube creen que todo ha terminado, el Oráculo les avisa que mandará a Cedric a la Tierra, sin poderes. Por su parte, Orube es aceptada como reportera en un periódico y comienza a investigar sobre las leyendas de Heatherfield y va directamente a la librería de Cedric, donde empieza a sospechar de él: entre los libros de Heatherfield encuentra el nombre de Jonathan Ludmoore, un alquimista. Tratando de ayudarla, Will le aconseja vaya a ver al profesor Collins, su futuro padrastro. Éste les empieza a contar la historia de Ludmoore y Will, Hay Lin y Orube descruben que Ludmoore trató de invocar a los elementos para ayudar a Phobos a destruir la muralla. Orube va a visitar otra vez a Cedric descubren que tienen en común sentirse extraños en ese mundo. En ese momento, los dos empiezan a sentir algo del uno por el otro pero nunca lo mencionan. Cedric va a Villa Ludmoore a ver unos libros, y ahí mismo encuentra el libro del alquimista, que en su portada tiene un ojo. Ludmoore hace un pacto con Cedric, y éste engaña a Matt para meterlo dentro del libro. Cuando las Guardianas descubren que Matt está atrapado en el libro, deciden entrar sin abrir los candados con las piedras de los elementos, y con ellas van Orube y Cedric. Dentro del libro, tienen que pasar por una serie de capítulos hasta llegar con Matt. Lamentablemente, después de mostrar Cedric su afecto hacia Orube, muere. Después de la muerte de Cedric, Orube escribe el título del último capítulo y luego de una cegadora luz se hallan en una completa oscuridad. Encuentran a Matt encerrado en un reloj de arena (pero en lugar de arena tiene tinta)escribiendo el libro y aparece Ludmoore exigiendo el corazón de Kandrakar. Después de una dura batalla, Matt se da cuanta de que la única forma de vencerlo es borrándolo del libro que escribió, busca la primera vez que apareca Ludmoore y lo tacha como si no hubiera existido. Todos salen del libro y en Kandrakar les dan las gracias, Orube se queda y los demás van a la Tierra para presenciar la boda de Susan y Collins.
 

6ª Saga: Los Ragorlang

Matt recibe una invitación para ser parte de los músicos de la cantante Karmilla, y acepta aunque signifique estar alejado de Will. Hay Lin visita a Eric. Allí conoce a Tecla Ibsen y a su esposo, que le hablan sobre los Ragorlangs, monstruosas criaturas que absorben los pensamientos y las voces de sus víctimas. Poco después, las chicas luchan contra el primer Ragorlang y descubren que pertenece a Tecla, que comienza a atarlas. Folkner, un cazador de Ragorlans, se une a las WITCH para derrotar a Tecla, pero su verdadero propósito es apoderarse de esos monstruos. Cuando cumple su objetivo se convierte en uno de ellos. Las guardianas lo derrotan durante un concierto de Karmilla y llevan a los Ibsen a Kandrakar, para que vivan tranquilos.
 

No. 74 "El corazón del fin"
 

7ª Saga: Nuevo Poder

Una extraña semilla comienza a crecer en Kandrakar. Para proteger la fortaleza, el Oráculo decide bloquear todo lo que los une con el exterior, incluyendo a las Guardianas; por ello le pide a Matt que les quite sus poderes y el Corazón de Kandrakar. La semilla es de Dark Mother, a quien las Witch derrotan tras perfeccionar sus poderes al máximo. El oráculo dimite por haber sucumbido al poder del árbol y Yan Lin, que aguantó hasta el final, le sucede.
 

Las WITCH descubren que algunos humanos de Haetherfield son seres mágicos. Se les asigna la tarea de identificar a estas personas y enseñarles cómo utilizar sus poderes. Hay una "escuela de magia", la cual es un autobús de color rosa en los laterales de la señal de "Teach Bruja 2b" visible sólo a los ojos de aquellos que poseen poderes magicos. En estas misiones también aparece Liam, un chico que se hace pasar por amigo de las WITCH pero en realidad es aliado de Takeda. Liam tiene dos hijas,Shinobu y Mariko. Mariko está encarcelada por su padre en un tanque, pero su mente está en el Mundo Rápido, el mundo del que procede Liam, para que cumpla con su deber. Liam secuestra a William para que Takeda lo mate, pero Matt les sigue y acaba congelado por uno de los cyborg guardianes. Liam salva a William llevándolo al mundo rápido, al que también va Shinobu al inyectarse el fluido que le permite a Liam vivir en la Tierra, y las Witch para salvar a Liam. Allí se unen al ejército de la Reina Blanca para luchar contra la Reina Negra, que es Mariko. La salvan de su prisión, y cuando la Reina Blanca la intenta matar, Liam se interpone. Al volver a la Tierra, la Reina las sigue. La Witch la derrotan usando sonidos para hacerla visible. Comienzan las clases de magia, donde las Witch tardarán en acostumbrarse a Kandor, el conserje, y éste a We.
 

En esta nueva aventura, Nihil, una hechicera antigua mantiene prisioneros a los signos del zodiaco (todos excepto la escala) para ser la dueña de los destinos de la gente, y sólo los seres mágicos son inmunes a su flujo. Pero esto no puede impedir que el peligro y el desastre para dibujar por ellos. Para las guardianas llamó Matt caída en el amor con otro, la casa de Hay Lin se quema, la madre de Irma gana una gran suma en la lotería, Irma tendrá una hermosa casa, pero en el corazón del desierto, sus habitantes, el padre de Cornelia esta en peligro a causa de un viaje en avión con Taranee. Si bien habrá un peligro para las chicas, se las arreglan para no llevar a cabo los planes de la reina, y ellas deciden impugnar las pruebas de los elementos agua, fuego, tierra y aire. No tienen el poder de los elementos por lo que ya están vencidas. Taranee, Cornelia e Irma pierden su reto, pero Hay Lin, con el peso de su destino aún sin cumplir, se las arregla para derrotar a la Reina de la Oscuridad, y todo el mundo puede volver a vivir sus vidas al decidir su propio futuro.